Национальное бюро расследований стало Судебной технической полицией, находящейся в подчинении Генеральной прокуратуры. Под правлением Мартина Торрихоса произошел поворот к военному строю, нарушая Конституцию путем создания Национальной службы пограничных войск в 2008 году, что продолжалось при последующих лидерах, включая избранного президента, ранее считавшегося сторонником гражданских принципов.
Сущность военного строя заключается в контроле над публичной властью военными, что может привести или не привести к государственному перевороту, как отмечает политический аналитик Антонио Сальданья. После вторжения США в Панаму в 1989 году процесс демилитаризации возглавил Рикардо Ариас Кальдерон, с намерением установить общественную безопасность на основе полицейских органов, а не военных.
Ариас Кальдерон выступал за обеспечение безопасности с уважением к правам человека, государству права и защите демократии, предлагая превратить военные силы в гражданскую полицию под управлением правительства. Созданные в результате этого службы, как Национальная полиция, Национальная авиационная служба и Национальная морская служба, были учреждены с целью полной демилитаризации общественной безопасности в стране.
Через постановления правительства в 1990 году была формализована демилитаризация, включая институциональную децентрализацию, подчинение гражданской власти и профессиональное аполитичное управление. Учреждения, ранее контролируемые Вооруженными силами, были переданы в специализированные министерства, что сделало значительный шаг в сторону демилитаризации общественной безопасности в Панаме.
